如何總結和整理學術文獻?

問題描述:各位學術大牛們,本人碩士在讀,在通往博士的不歸路上,請問各位如何總結和整理學術先行文獻的?(總感覺有些文獻讀過就忘記了,想用的時候想不起來)有什麼好用的軟體,感謝分享!
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menz:

個人推薦軟體組合:
文獻總結整理:Endnote
文獻閱讀:網頁版fulltext
做筆記
:Onenote

為什麼使用這幾個軟體?
因為這樣最符合我的需求

我們的需求是什麼?

1. 閱讀文獻的時候:

  • 排版舒服容易閱讀(網頁版和pdf都合適)
  • 不懂的內容,即時google(網頁版較合適)
  • 例如,內容中出現:「xxxxx[11]」。我希望馬上看看這個參考文獻[11]是什麼。pdf版太煩了——要拖下去找這個參考文獻[11],然後再滾上來,忘了剛剛看到哪了。這點(大部分文獻的)網頁版就很好,鼠標虛指一下[11]這個鏈接,參考文獻的citation資訊就顯示出來,再點一下,直接就可以打開這個參考文獻的頁面(如圖)。
  • 在內容中highlight關鍵部分:IE可用imarkup擴展;firefox可用wired-marker(如圖)。高亮記錄永不丟失,並可搜索。
  • 閱讀的同時做筆記:onenote可貼到熒幕右邊,記錄你的總結和火花。如果使用IE,onenote還可以自動記住你是在閱讀原文哪一段時做的這一句筆記。
  • 所以,我閱讀文獻採用網頁版筆記採用onenote

2. 做文獻整理的時候:

我對文獻整理軟體的唯一需求,就是能快速找到想要的那一篇/幾篇文獻。想找哪篇找哪篇,忘了關鍵資訊也能找到,模糊檢索也能找到。想像以下場景:

  • 我想找那篇之前讀過的(標記已讀/未讀功能);
  • 2005年發表的(排序功能);
  • 分組在”Crystallography”組的(分組功能);
  • 曾被我標記了”mTOR”標簽的(標簽功能);
  • 忘了是題目還是內容中含有”pET28a”的(全文內搜索功能)
  • 的文獻

滿足所有這些功能的,我知道的只有Endnote和Mendeley(可能還有別的軟體)。我選擇了Endnote。另外,把Endnote文件放在OneDrive/Dropbox等文件夾里,還可實現同步。

綜上所述,我的選擇是網頁版閱讀+Onenote筆記+Endnote整理。


格知物理:

本文原文發布在芳網:http://www.jianshu.com/p/6bf14803dc99


文獻無疑是目前科研成果的最主要載體。在大家堅持不懈地灌水努力下,現在的文獻是越來越多,大有濤濤江河匯成大海之勢。然而,怎樣才能在大海里暢游而不迷失方向?怎樣才能在海里釣到大魚呢?今天我就來介紹一下我個人的經驗。
1. Readcube——最好的文獻管理器

Readcube是近乎完美的文獻管理器,如果沒有牆而你又是付費用戶的話,它會更完美。

獲取地址:https://www.readcube.com/home?r_c=YH1En

文獻管理器是閱讀和管理文獻的核心,因而選擇一款好用的文獻管理器十分重要。目前主流的選擇包括ReadCube, MendeleyEndnote。根據筆者自己的實際使用體驗,這幾種文獻管理軟體中最好的是Readcube。無論從美觀程度、功能性、平台覆蓋面上都有碾壓其他軟體的勢頭,缺點是略微有點卡頓。下面我來具體介紹一下它的主要功能和特色。


Enhanced PDF——PDF文件自動識別和強化

目前幾乎所有的文獻都是以PDF格式存在,對PDF文件的處理方式和識別能力直接決定了一款文獻管理軟體的好壞,而ReadCube的殺手鐧正是PDF自動識別。

當我們從期刊網站或者課題組主頁上下載了某篇文件的PDF文件之後,通過Readcube的導入按鈕,將文獻拖動到Readcube界面或者直接定位到文獻所在文件夾,就可以將PDF文件批量導入Readcube。一旦導入,Readcube就會自動識別文獻的具體資訊。識別成功的文獻會在軟體界面右側顯示文獻的資訊,包括期刊、編號、標題、作者、摘要等等。甚至會顯示該文獻的引用量。這樣,你的文獻就不再只是以PDF文件的形式存在,而是以資訊完備,分類詳細的數據庫的形式存在。管理將更為方便。你還可以選擇將數據庫中的文獻自動按照作者、發表時間或者標題進行重命名,重新保存到指定文件夾中。

點擊閱讀按鈕,我們可以打開增強後的PDF文件。文獻中的所有作者姓名和參考文獻的引用上標都變成了可以點擊的狀態,點擊之後,可以直接跳轉到該引用文獻的下載界面或者作者主頁。而右側的一系列選項卡除了提供了參考文獻列表以外,還提供了很多非常有用的功能。比如Metrics選項卡,以圖表形式給出了該文獻的引用數隨時間的變化。下方給出了具體的引用文獻,直接點擊就可以下載。它甚至還能給出其他引用文獻引用該文獻時的具體描述。這一功能簡直是科研工作者做夢都想要的功能。當我們找到一篇我們感興趣的重要文獻時,只需要結合ReadCube提供的引用和被引用文獻列表,就能夠非常迅速的勾勒出一個文獻網路,一旦在這個網路中發現其他感興趣的文獻,只需要一次點擊(在你的學校購買了相關數據庫的情況下),ReadCube就能夠自動幫你從學校代理連接到期刊網站,甚至能自動幫你下載好,放入你的數據庫。理想情況下,全程不需要任何額外操作。文獻查找和下載的效率得到了極大的提升。

Files選項卡給出了PDF文件在電腦中儲存的位置,更重要的是,如果該文獻有Supporting Information,即使你沒有下載,Readcube也能夠在這個選項卡中顯示,點擊後就可以直接下載。而Cite選項卡則讓你能夠導出文獻各種格式的引用,方便在Word、PPT等軟體中插入。


Recommendations——推薦功能

Readcube另一個核心功能是自動化推薦,它能夠根據你文件庫中已有的文獻自動計算出你感興趣的文獻,推薦給你,同樣只需要簡單點擊就可以下載。而且它可以根據你導入文獻時創建的文件夾,針對性地推薦某一特定類別和特定時間段的文獻給你。這樣你就不需要費時費力地到網上檢索了。


All Platforms——全平台特性

相對於其他文獻管理軟體,Readcube的全平台同步特性非常強大。它幾乎覆蓋所有平台,包括Web、PC、Mac、iPad、Android等等。而且在各個平台上,Readcube的使用體驗幾乎一致,功能性並沒有損失。在網頁版上,Readcube還能夠自動列出文獻中的圖片和圖片標注,方便在閱讀文獻時定位到提及的圖片。

Readcube Web Importor——Chrome插件

Readcube Web Importor是Readcube新出的Chrome插件,付費用戶才能使用。通常,文獻需要將PDF文件下載下來,再導入軟體中才能夠進行管理,這個插件通過在瀏覽器中提供入口,將這一過程進一步簡化。當你打開Google Scholar或者Pubmed的時候,它會在頁面中的每個搜索結果後面直接加上一個按鈕,點擊以後可以直接將結果加入Readcube數據庫。而點擊插件欄上的按鈕,插件將自動識別搜索結果中的文獻,你可以通過勾選你感興趣的結果,將文獻直接批量加入Readcube數據庫中。這樣,你連下載PDF的時間都省了。


關於付費功能

Readcube的全平台同步和Metrics功能是需要購買按年付費的高級版的,高級版還提供一個付費功能是監控特定文件夾,有新文件後自動導入。新用戶可以獲得3個月高級版的免費試用,推薦十個人使用Readcube的話還可以獲得一年高級版。Readcube高級版的正常價格是55美金一年,但是黑色星期五之類的促銷季會打折。至於值不值,各位自己衡量啦。

2. Google圖片——進行直觀的發散式搜索

很少有人會喜歡閱讀滿熒幕的英文,尤其當這些英文中還夾雜著很多字典也查不出來的專業詞匯的時候。但是圖片卻不一樣。優秀的學術文章大多會有簡潔美觀的示意圖。通常情況下,看到這些圖片,你就能夠大致明白文獻的主題。人腦的強大之處在於形象思維和抽象能力。通常情況下,人們更能夠從滿熒幕的圖片而不是滿熒幕的文字中發現相關資訊。從這一點出發,我自創了一種快速查找文獻的方法,那就是利用Google圖片。Google圖片搜索的優良演算法能夠很好的將相關或者近似領域的搜索結果顯示到一起。而且針對單一圖片,能夠進一步展示類似圖片。並且,相對於其他搜索引擎,我個人感覺,Google給予學術結果的權重更大。
下面我們以Self-assembly為例,來看看怎麼利用Google圖片搜索學術資料。

我們可以看到搜索結果基本都是簡潔明了的學術文獻的示意圖。大部分圖片我們不需要看注釋文字就可以大致猜出它要表示的內容。點擊排在前面的一幅圖片,這幅圖片來自nature網站,圖片標題下方給出了圖片的文字描述,我們可以根據描述進一步理解圖片表達的意思。而文字描述下方,Related images給出了類似的其他圖片,我們不需要離開當前頁面就可以進一步檢視。而點擊View More,我們就可以查找和當前圖片相關的其他圖片,注意,這時候新的搜索是以圖片為基礎,而不需要輸入關鍵詞,也就是說Google可以根據你感興趣的圖片自動幫你聯想關鍵詞。這樣你就不要煞費腦汁的去思考用什麼英文單詞來搜索了。

這一系列看似簡單的功能,實際上使得我們能夠以一兩個關鍵詞為出發點,極其方便的構建一個龐大的搜索網路,而整個過程中,所有結果都是以圖片形式呈現,你甚至不需要輸入文字,只需要點擊鼠標就行了。你所有的注意力只需要集中到對圖片想要表達意思的抽象判斷上。這無疑讓查找文獻的過程變得極為高效和簡化。

相關插件

搜索結果圖片中,前面的一排方形文字是安裝了Chrome谷歌搜索優化插件之後顯示的關鍵詞進一步精確化的建議,它能將原來網頁搜索結果上方的搜索建議進一步細化,並且以更美觀的形式呈現出來,同時以相同顏色表示相同類別的關鍵詞,方便識別。

同時推薦安裝Power Zoom圖片放大插件,按下Ctrl鍵,鼠標移過圖片的同時可顯示該圖片的全尺寸放大圖。

3. 文獻訂閱

自從被Google拋棄之後,RSS訂閱服務似乎漸趨沒落,使用者越來越少。但是由於科研領域的特殊性,RSS在科研領域還是有它的用武之地,尤其是在文獻推薦方面。這里,我介紹兩個新穎的RSS文獻推薦和訂閱服務。

一覽閱讀——新時代的最佳RSS閱讀器之一

作為一款本土應用,一覽是一個令人欣慰的存在。它界面簡潔美觀,提供瀑布流式的瀏覽方式。而且它自帶頗為豐富的訂閱源,除了可以訂閱專業學術期刊網站外,還可以訂閱很多泛科學領域的知名網站,如Aorqu、果殼等。可以說是目前大陸RSS閱讀器最好的選擇之一。


SciReader
SciReader

是專注於學術領域的免費文獻個性化推薦服務。它的主頁面提供三個基本功能,一個是根據你設置的關鍵詞和興趣領域推薦相關的最新文獻給你,可以自動發送到你的郵箱,第二個是在tweeter上討論最多的文獻,第三個是來自Science Daily上的學術新聞。見面美觀簡潔,功能實用,是一個值得考慮的服務。


4. 瀏覽器插件

除了獨立的網站和軟體之外,有一些優秀的瀏覽器插件也能夠給我們的學術生活帶來很大便利。

Wiki2 or Wikiwand

Wiki2 和 Wikiwand 都是維基百科美化和功能增強插件。維基百科是目前最為龐大的網路百科全書,儲藏了海量的知識,但是界面卻略顯簡陋。這兩個插件的主要作用是給維基百科穿上漂亮的衣服,同時提供鏈接預覽、頁面收藏等增強功能。兩者的界面風格幾乎是兩個極端。Wikiwand是灰白色調為主的現代風格,提供平板和手機客戶端,而Wiki2非常絢麗多彩,並且,Wiki2在每個維基頁面還集成了Youtube搜索功能,能自動在維基百科頁面中插入相關的Youtube視訊。筆者個人更喜歡Wiki2。蘿卜白菜各有所愛,各位自己選擇一個更順眼的吧。


Google學術搜索按鈕

這個插件是谷歌公司官方出品的,功能非常實用。當你打開某個期刊的文獻頁面的時候,點擊這個插件的按鈕,它能夠自動顯示頁面中文獻的谷歌學術搜索結果。如果有免費的PDF提供,就會有一個綠色按鈕,點擊即可免費下載文獻,不需要你的學校購買相關的數據庫。點擊引號還可以直接輸出參考文獻的引用,非常方便。


5. 寫在後面
必要的硬體升級

如果你的電腦還用著2G內存和機械硬盤,那麼這篇文章其實對你不會有太大幫助。因為相對於優秀軟體帶來的便利,更多的時候,你得忍受令人不悅的卡頓。如果你無法保持一個愉悅的心情,效率的提升就無從談起。我強烈推薦你升級到8G以上內存,並且至少將系統盤換成SSD。即使你的老闆很摳門,需要你自己掏這筆錢(500元以內)。
另外,如果你需要經常碼字,我推薦你給自己裝備一個機械鍵盤,它能讓你愛上打字的感覺。

付費軟體的價值

大部分好的軟體是免費的,但是它們的增值服務是收費的。這也是絕大部分優秀軟體公司的生存方式。中國用戶在使用這些軟體的時候,很少考慮購買增值服務。也有一些即使有購買的意願,也會受到支付通路的限制。雖然不是每個人都需要增值服務,但是我希望當你真的需要的時候,不要猶豫。

我寫過一些相關文章,推薦給大家:


Aorqu用戶:
Docear


李昂:

這個問題下面的很多回答都本末倒置了。我們是做研究,而不是人人都要當圖書館管員。無論是Endnote還是其它什麼軟體,相信我,這個要花去極大的時間和精力。而這些時間和精力,本來是要用在實驗,思考和寫作上的。

做任何事情都不能忘記初心。我們整理學術文獻,最重要出口是為了在寫論文時候給加以正確引用。那麼文獻的引用主要在兩個位置,introduction和discussion部分。這兩個部分要佔去20-30個核心引用。而introduction中綱領性的文獻,就要佔去10條。也就是說,只需10-20個跟手頭工作相關的文獻爛熟於心即可。至於其他文獻,隨時檢索,隨時添加,加到50-60個就足夠了。

真正涉足一個領域,這個小方向的milestone都是爛熟於心的,這也要求我們的方向,不要開的太多,要focus,這樣可以極大的減輕文獻壓力。因此,最好的方法是,記住關鍵實驗室和關鍵作者的姓名。按照人來找文獻。畢竟投稿後,也是小方向上,最牛逼的那幾個同行來審稿是不是?他們不說文獻引用有偏差,就ok。

一些院士的報告中,都反對學生把大多數時間用於文獻,因為除去綱領性的文獻和milestone式的突破,大部分文獻都是me too式的研究,根本不需要細讀。大家可以去查一下蒲慕明先生的報告,他就是反對大把時間看文獻。這也是很多美帝實驗室,看文獻時間不計入實驗室工作量的原因。

因為我們不是機器,我們會累,所以沒有必要把大量時間和精力放在整理文獻上。


Aaron:

這個問題,我從博士一年級一直糾結到現在(我是直博==)。也看過很多關於這方面的回答及課程,比如羅昭鋒老師的文獻管理課程,我覺得羅老師講的非常棒,把科研要用到的工具都介紹了一遍,並且還給出了不同的應用場景。我用過的文獻管理和總結的工具有noteexpress,印象筆記,mendeley(貌似比較少,=_=)。由於總少不了同時使用筆記本和辦公台式機,而noteexpress不能線上同步,所以最後選擇了mendeley。

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好,現在回歸正題,前面各位大神都說的很細了,趁著自己也在摸索這個問題,發表一下自己的觀點,就當是給自己做筆記了,大家有什麼意見,歡迎評論。我的文獻整理思路如下:

1.首先,建立一個Reference文件夾,下面再根據自己的研究方向或者不同課題建立不同的子文件,對於每個課題,又可以根據課題研究進度或小方向再建立相應的文件夾。

2.在mendeley中,同樣建好相應的文件夾,但是只需要根據每個課題方向或研究方向建一個文件夾就行了,即只需要建立第2步中reference目錄下的文件夾,再下一級的文件夾就不需要了。假設我們是從零開始,那麼在mendeley中將reference文件設置為watch文件夾。

3.然後,就是各種search和download了,把搜索到的文章download到相應研究方向的文件夾下,之前我在下載的時候會自己手動重命名,年份-作者-標題,但是,現在有了mendeley,這一步可以省略了,具體操作如下圖所示。這樣相當於把所有文獻copy到mendeley默認目錄下,並且進行重命名及分類。我是按照期刊分類,這樣你就知道這個研究方向大多數文章是發在哪個期刊上,為之後的投稿也有所幫助。其次是文件重命名格式就是年份-作者-標題,這樣排序時可以直接看出文獻的發表時間,然後在引用的時候可以考慮引用新的文獻或者比較經典的文獻。

4.開始閱讀文獻了,在讀文獻之前,打開印象筆記,同樣的,為每個研究方向建立一個筆記本,然後打開一篇文獻後,將重命名的文件名粘到筆記本中,然後在閱讀過程中有什麼重要資訊可以直接摘錄下來,並做好標記。

5.讀的文獻雖然一般會比較多,但真正對我們有用的就那麼幾篇,那麼怎麼快速的找到自己覺得重要的那幾篇文獻呢?這就需要你在讀完文獻後,如果覺得這篇文獻很重要,便在mendeley中將該文獻加入到favorite,不過美中不足的是mendeley中所有favorite文件都放到同一個文件夾中,所以,為了便於區分,可以在文章右邊的details中加入相應的tags,方便以後查找。

6.寫文章需要引用文獻的時候,跟其他文獻管理工具一樣,可以直接用mendeley提供的工具在office直接引用,設置好格式後就很方便了。

最後總結一下,如果按照上述1-5步做完後,那基本所有的文獻你都能快速回溯,因為印象筆記、mendeley都直接搜索內容,然後根據內容匹配就可以找到標題,這是借用everything搜索或者直接在mendeley打開,可以再進一步精讀文獻。像前面幾位說的,管理文獻的主要目標就是能快速找到你所需要的那篇文章,希望上述方法能對你有所幫助。

加油!

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